Після глобальної фінансової кризи світ охоплений «стабільною війною», яку розпочав штучний інтелект. Дев’ятий відділ змушений протистояти новим формам кіберзагроз.
2029 рік. Новітні кібертехнології дозволяють людям вживлювати нейронні імпланти, які перетворюють їх на пов’язаних між собою гібридів. Перед людством майбутнього постають загрози нового рівня – хакери можуть проникати безпосередньо в мозок жертви і навіть втручатися в політику. Майор-кіборг елітного підрозділу отримує завдання знешкодити групу небезпечних екстремістів, мета яких - знищити роботів і весь кіберсвіт.
Після завершення Світової війни в Японії наука зробила великий крок в розвитку кібернетики та штучних тіл. Все людство пов’язане за допомогою системи віртуальних особистостей під назвою «дух». Однією з найбільших загроз безпеці держави є кібер-терористи, які можуть викрадати людські тіла та пам’ять. Коли вірус під назвою «Підпалювач» заражає систему та починає розповсюджуватися, невідомий кіборг вбиває прем’єр-міністра Японії. Майорові Мотоко Кусанаґі та її елітній команді спеціального призначення доручають знайти джерело зараження.
Ньюпорт, 2027 рік. Війна завершилася рік тому, але в місті знову лунають звуки вибухів самохідних мін. Тоді ж невідомі особи вбивають підполковника Мамуро, якого підозрювали у хабарництві та незаконній торгівлі зброєю. В ході розслідування Дайске Арамакі з дев’ятого відділу Служби Державної Безпеки зустрічає кіборга і вправного хакера Мотоко Кусанаґі. Бато — співробітник Арамакі, — припускає, що саме Кусанаґі відповідальна за теракти. За нею ведуть ретельне спостереження голова 501-го підрозділу Куруцу та агенти-кіборги.
Версія OVA для ТБ з двома новими епізодами, які мають пов’язати події OVA та повнометражної стрічки 2015 року.
Молодий солдат Дюнан і кіборг Бріарей, переживши третю світову війну, подорожують по апокаліптичному Нью-Йорку, в пошуках легендарного міста Олімп, майбутнього оплоту людства. Дія присвячена бойовій біографії Дюнан і Бріарея до потрапляння в Олімп.
Ньюпорт, 2027 рік. Війна завершилася рік тому, але в місті знову лунають звуки вибуху самоходних мін. Тоді ж невідомі особи вбивають підполковника Мамуро, якого було підозрювано у хабарництві та незаконній торгівлі зброєю. В ході розслідування Дайске Арамакі з дев’ятого відділу Служби державної безпеки зустрічає кіборга і вправного хакера Мотоко Кусанаґі. Бато, співробітник Арамакі, припускає, що саме Кусанаґі відповідальна за теракти. За нею ведуть ретельне спостереження голова 501-го підрозділу Куруцу та агенти-кіборги.
Альтернативний світ 2029 року – світ, у якому співіснують люди і високотехнологічні кіборги, здатні напряму взаємодіяти з Мережею. Головний персонаж фільму – майор Дев’ятого відділу Кусанаґі Мотоко – кіборг з людським розумом усередині кібернетичного тіла. Основне завдання відділу – спіймати оголошеного в міжнародний розшук невловимого хакера, який через велику кількість жертв його діяльності та мимовільних посібників злочинів отримав прізвисько “Лялькар”. Згодом виявляється, що насправді все не так, як здається на перший погляд…
Дія серіалу розвертається в 2061-ом році, пройшло 50 років з тих пір, як людство створило Net society (Мережне суспільство), що використовує інформаційні мережі, незважаючи на недоліки їхніх систем безпеки. Для збільшення надійності цих самих систем була розроблена нова мережа - Meta Real Network, або, для стислості, Metal. Особисті спогади людей переведені в цифрову форму й поміщені в захищені віртуальні окремі органічні кібер-анклави, іменовані bubble shells.
В 2133, після глобальної війни, в якій загинуло більше половини населення Землі, місто Олімп стало маяком надії в світі руйнувань і страждань. Олімп - утопія, якою управляє суперкомп'ютер Гайя, а важливі політичні пости займають штучно спроєктовані люди - біороїди...
2034 рік нашої ери. Пройшло два роки з того часу, як Мотоко Кусанаги ( Kusanagi Motoko) покинула дев'ятий відділ. Новим командиром загону став Тогуса (Togusa), в результаті чого розширився особистий персонал відділу. Розширений дев'ятий відділ повністю зайнятий боротьбою з діяльністю таємничого і обдарованого хакера з кличкою ляльковод (Puppeteer). В процесі розслідування Бато (Batou) стикається з Мотоко. Вона зникає із словами:"Тримайся подалі від "Напівпровідникового суспільства"(Solid State Society)" Після цієї зустрічі Бато залишається в подиві.
У цьому фільмі глобальність, порушена в першій частині серіалу, стає ще більш глобальною. На першому плані - роль Японії в Новому Світовому Порядку після 4 світові війни. Плавно, від однієї справи до іншому наші герої вплутуються в кашу брудної політики, стаючи маріонетками в руках властолюбців, але врешті решт звичайно ж вирішують всі питання. На першому плані проблема біженців, «самодостатня більшість» і Герой, що може змінити ситуацію.
У 2131 році людство відродилось після серії руйнівних світових воєн. Оазисом в світі хаосу і смерті стало супер-місто Олімпус, що зуміло за допомогою потужної армії захиститися від ворогів і забезпечити городянам економічне процвітання. Досягнуто це було за рахунок створення нової раси клонованих людей, названих біороїдами. Це не прості клони, а вдосконалені люди з добірними генами і контрольованими емоціями. Біороїди складають 50% населення Олімпуса і завдяки високому інтелекту контролюють більшість ключових постів в місті. І, не зважаючи на те, ще біороїди мирну співіснують з людьми, це створює зростаючу незадоволеність людей, з'являються підпільні групи фанатиків-терористів, готових віддати життя заради ідеалів свободи людства…
Близьке майбутнє, 2032 рік. Техніка досягла небаченого прогресу. Це світ, який люди розділяють з кіборгами і роботами. Бато - детектив відділу поліції по боротьбі з тероризмом. Він - живий кіборг, оснащений штучними руками, ногами і іншими частинами тіла. Залишився лише його колишній мозок та пам'ять про неї, про Мотоко Кусанагі. Разом з напарником Тогусой Бато залучений до розслідування серії вбивств роботами своїх власників, причому всі роботи відносяться до еспериментальної моделі секс-андроїдів фірми Locus Solus.
У майбутньому грань між дигітальним і фізичним світами помітно стиралася, кібертроника змінила життя людства до невпізнання, створивши новий синтетичний рівень існування і звівши людей в єдину Мережу. Проте зближення живих організмів і машин виявилося чревато найнебезпечнішими наслідками, надавши зловмисникам небачені досі можливості маніпулювання людською свідомістю. Для запобігання подібних технозлочинів і був створений Дев'ятий Відділ.