Екранізація одноіменного роману французської письменниці Маргеріт Юрсенар (справжнє ім'я: Маргеріт Антуанетта Жанна Марі Ґіслен Кленеверк де Креянкур).
Оригінальна назва фільму (як і книги) — „L`oeuvre au noir”, „Робота в чорному” —алхімічний термін, що означає першу стадію Magnum Opus (Великого Діяння) — нігредо. Суть цього етапа — очищення від всього поверхневого і тобі чужого, виведення зовнішнього світу за дужки, щоб стати на тяжкий шлях самопізнання, набуття свого справжнього „я”. Подібно до того, як чорна безодня не випускає за свої межі будь-який промінь світла, той, хто йде шляхом нігредо, мусить знайти опору та знання в самому собі, уникнувши спокус світу. Чорний — колір категоричний: це колір зречення, самоаналізу, самотності, утаємниченості. Він вимагає забуття інших кольорів, бо є початком світу небаченого, сліпучої пітьми містиків, духовного пробудження. Але шлях туди лежить через смерть — символічну чи реальну , це вже як вийде.
XVI ст. Фландрію, окуповану іспанцями, роздирають релігійні війни та Інквізиція.
Головний герой „Філософського каменю” — інтелектуал, якому тісна його доба. Сучасник Коперника та Кампанели, він поневіряється країнами, лікуючи людей, оскільки „в цьому безглуздому світі небагато внятних занять”. Решта його справ небезпечніше — складання філософських та науковоприродничих текстів, що розходяться з думкою Церкви, (ал)хімічні досліди, співчуття до нужденних та скривдженних, яких би переконань вони не дотримувалися. Відчуваючи на собі небажану увагу сильних світу сього, під вигаданим ім’ям він повертається в рідний провінційний Брюге. Якийсь час йому вдається спокійно працювати в лікарні для бідних, знаходячи розраду в розмовах з другом юності, у якого він мешкає, та місцевим пріором.
Ренесансна, богоборча концепція Зенона в фільмі, як і в романі Юрсенар, має приречений характер передчасності. Пріор намагається врятувати його, закликаючи до обачності. Зенон відповідає йому в одній з бесід: „Ви чудово знаєте, що ті, хто поділяє крамольні думки, досить розумні, щоб берегти мовчання... Що стосується мене, я бачу в цьому віковічну плутанину людських діянь — іспанці переслідують анабаптистів-реформаторів та відправляють їх на багаття, реформатори-євангелісти душать анабаптистів, а уряд Льєжу збагачується, постачаючи зброю обом сторонам! І все кволіше безумні крики тих, кого катують та палять”.
Невдовзі Зенон опиняється в полі зору Інквізиції. У в’язниці, після недовгого заперечення, він називає своє справжнє ім’я — він втомився ховатися. Зенона непокоїть, що чужа біографія може заступити його власну, йому раптом захотілося кинути рукавичку всій глупоті світу.
Але обвинувачення не проти пограти з ним в кота-мишу, починається тривалий процес, кінець якого хоч і відомий обом сторонам, однак не повинен бути швидкоплинним, адже в сіті попалася крупна риба. Проте, Зенон не потішить натовп та церковників своїми муками у вогні — він залишить цей світ по-філософськи. Робота в чорному завершена. Він прийшов до згоди з самим собою та уник спокус світу...
У Симона (Ардити) раптово трапляється приступ і на думку лікаря він помирає. Через невеликий час він як ні в чому не бувало з'являється перед своєю подругою Елізабет (Азема). Таке повернення з того світла надає їхній любові наймогутніший імпульс, принаймні, Елізабет. Симон же замислюється про життя, плекаючи ідею круто змінити своє життя, але через деякий час раптово вмирає на руках своєї подруги. Та ж обіцяє піти за ним. Повернутися до життя, а не зациклюватися на відданості, їй радять усі.
Вічно відсутній Віктор, якщо і повертається додому, то головним чином для того, щоб підтримати себе матеріально для нової азартної гри, в яких він загруз як в болоті. Його донька Поліна спочатку проявляє сувору діловитість, намагаючись впливати на батька, але з часом капітулює перед його чарівним шармом.
Сюжет фільму побудований на ідеях французького ученого-медика і філософа Анрі Лаборі, який сам озвучує їх у фільмі. Три людські долі покликані проілюструвати ідеї Лаборі про зв'язок людської психології і суспільства. На прикладі трьох персонажів учений доводить, що всі людські реакції обумовлені умовами, в яких пройшло їхнє дитинство.