... Після страшної катастрофи, яка позбавила Клінгонів засобів до існування, багаторічне протистояння між ними і Об'єднаною Федерацією Планет припиняється. Адмірал Кірк отримує секретне завдання зібрати свій старий екіпаж і провести перші переговори з канцлером Клінгонской Імперії. Але під час нападу невідомих на клінгонскій корабель канцлер гине. Клінгонська сторона визнає винними Кірка і МакКоя і засуджує їх на довічну каторгу. Кірк починає розуміти, що потрапив у самий центр змови і повинен її розплутати для порятунку хиткого миру, а Спок веде «Ентерпрайз» в останній похід, рятувати свого капітана ...
Криза, що вибухнула на піщаній планеті Німбус III (Nimbus III), розташованій в нейтральній зоні, здавалося б, була всього лише ще одним актом заяви про себе місцевого бунтарства, охочому лише привернути увагу Федерації - але не цього разу.
Тепер у повстанців є лідер, уродженець планети Вулкан на ім'я Сайбок (Sybok), що володіє видатними навіть по вулканеанським мірках парапсихологічними здібностями, - йому досить лише короткого спілкування для того, щоб людина або інший інопланетянин переживала до нього почуття неподільної довіри.
Приблизно через 20 років було вирішено реанімувати старий серіал. На хвилі тріумфу кінофільмів (яких на той час зняли вже чотири) з'явився молодший брат першого серіалу. У світі «Зоряного Шляху» минуло 80 років. Змінився екіпаж, удосконалилися технології, змінився навіть Ентерпрайз. Залишилися тільки знайоме й улюблене нам ім'я корабля та мета його команди – смілови прямувати туди, де не ступала нога людини!
Повертаючись додому з Вулкана на експропрійованому клінгонському космічному кораблі Керк і його команда заздалегідь готуються до гіршого. Хоча борг честі виконаний, і Спок знову з нами живий і здоровий, у команди немає більше причини радіти, особливо коли вони починають згадувати про попутно скоєну провину.
Непокора наказу, погнаний, а потім і самоліквідований "Ентерпрайз", саботований "Ексцельсіор" - все це примушує їх будувати зовсім не веселкові припущення щодо того, чим їх зустріне Земля.
Поразка Хана і створення планети Генезис стали черговим тріумфом капітана Джеймса Т. Керка; але для нього ці перемоги більше не мають значення. Керк втратив одного зі своїх кращих друзів, Спока, який загинув, рятуючи "Ентерпрайз", і ця втрата непоправна.
Одночасно з цим Керк близький до того, щоб втратити ще одного свого кращого друга, Мак-коя, який втратив розум.
Несподіваний візит Зарека, батька Спока, прояснює ситуацію і дає Керку надію - Спок живий, і його розум в даний момент поміщений в тіло Мак-коя.
Криза середнього віку, що трапилася у адмірала Кірка, здавалася йому річчю першорядної ваги. Але тільки до тих пір, поки він не отримав повідомлення з планети Сети Альфа 5 про те, що з'явився його давній ворог, спраглий помсти.
Хан – генетично створена надлюдина, з сильно розвиненими розумом, фізичною силою і амбіціями, вже зустрічався один раз команді «Ентерпрайзу», але тоді його і його людей, які вирішили захопити корабель, зупинили і в покарання залишили на першій придатній для життя планеті, що трапилась.
У 2273 році, дослідницька станція Зоряного флоту Епсілон 9 виявляє сторонню силу, приховану в масивній хмарі енергії, і ця хмара стрімко наближається до Землі. Хмара знищила 3 кораблі Клінгонської імперії та дослідницьку станцію. Тим часом, на Землі, зореліт «USS Ентерпрайз» було суттєво переоснащено; колишнього капітана корабля, Джеймса Т. Кірка, підвищено до звання Адмірала. Зоряний флот доручає команді «USS Ентерпрайз» дослідити хмару, бо це єдиний у флоті корабель в зоні перехоплення об'єкта.
«Анімаційний серіал» є сюжетним продовженням телевізійного серіалу «Зоряний шлях: Оригінальний серіал» і оповідає про останній рік п’ятирічної дослідницької місії зорельота USS Enterprise NCC-1701 під командуванням капітана Кірка.
У світі «Зоряного шляху» Земля, переживши техногенну катастрофу 21 століття, відкриває принцип космічних польотів із надсвітловою швидкістю. Це відкриття збігається з прибуттям на Землю перших чужопланетян з екзопланети Вулкан (англ. Vulkan). Дія більшості серій відбувається на борту зоряного корабля «Ентерпрайз» (англ. "Enterprise"), який Земля спорядила для дослідження просторів глибокого космосу. З огляду на недосвідченість земного екіпажу в стосунках із розумними істотами інших планет, до екіпажу входить у якості наукового консультанта представник планети Вулкан.
Серіал «Зоряний шлях» (англ. Star Trek: The Original Series) демонструвався в США в 1966–1968 роках. Ідея серіалу й перші сценарії належать Джину Роденбері. Під час першої трансляції серіал не користувався великою популярністю, проте з часом, протягом наступних показів здобув статус культового.